ییکی از مسائل مورد بحث درباره نظریه ولایت فقیه منشأ مشروعیت ولیِّ امر و چگونگی انتخاب و تعیین وی است. در این باره دو نظریه عمده وجود دارد: گروه کثیری از عالمان شیعی که ولایت سیاسی فقیه را می پذیرند قائل به انتخاب عام فقیهان از سوی شارع مقدس اند و به دیدگاه خویش از ادله عقلی و نقلی مدد می جویند.